Desde cuando comenzaste a notar ese problema? Han hecho cambios en tu plan de hosting recientemente? Me refiero a actualización de plan, de software, data center, etc.
Antes de tener este problema, instalaste alguna extensión?
Intenta optimizar y reparar las tablas de tu base de datos, puedes hacerlo desde phpMyAdmin.
Justo ahora no tengo ninguna instalación con MySQL/MariaDB para mostrarte, pero en tu base de datos, selecciona todas tus tablas y da click en "Reparar" o "Repair", luego siguiendo el mismo método da click en "Optimizar" u "Optimize"
Si no hay nada mal en tus tablas por lo menos las has optimizado, que es una buena práctica hacerlo cada cierto tiempo.