Vale, perdón. Corregido. Me contesto a mi mismo para explicarlo.
El módulo de "configuración del sitio" dentro de la categoría "configuración del sitio" que a su vez esta dentro de "general" no existía. En su lugar había un módulo llamado ACP_PROFILE_FRIENDS.
Y yo me he liado y estaba editando la categoría al no encontrar el módulo del mismo nombre que debería haber dentro.
La he creado de nuevo tal y como comentaba leviatan21 y ya funciona correctamente.
Por si a alguien le ocurre lo mismo pasos sencillos. En el ACP entramos en sistema/módulos/ACP como indicaba leviatan21. Ahí pinchamos en la categoría "general", dentro debería estar la categoría "configuración del sitio"
la categoría debería estar así:
Idioma del módulo: ACP_BOARD_CONFIGURATION
Tipo de módulo: Categoría
Padre: General
Módulo habilitado: Sí
Dentro de esa categoría debería aparecer el módulo "configuración del sitio" (llamado igual que la categoría) y debería estar así:
Idioma del módulo: ACP_BOARD_SETTINGS
Tipo de módulo: Modulo
Padre: Configuración del Sitio
Módulo habilitado: Sí
Módulo mostrado: Sí
Elegir módulo: Administración del Sitio [acp_board]
Elegir modo: Configuración del Sitio