Lo que pasa es que antes de convertir tu foro Icy, a phpBB3, debes agregar los BBcodes de Icy en el panel de phpBB3.
Es decir.. se instala el phpBB3 "limpio", se agregan bbcodes que funcionaban en icy (como el align, el strike, etc), y luego se pasa el conversor de phpBB2 a phpBB3. Así, el conversor interpretará los BBcodes que agregaste (los nuevos, como el align, etc), en los mensajes y firmas del foro antiguo.
Si primero conviertes, y luego agregas el bbcode, align por ejemplo, el foro no tiene como saber que en los mensajes antiguos usaste el bbcode align.
Pero si editas el post, o la firma, si te los va a interpretar.
Todo esto esperaba indicarlo en un post/guía para pasar correctamente Icy a phpBB3, sin estos problemas de los BBcodes, pero algunas cosas no salieron bien y debo revisarlas, y tiempo para eso es de lo que menos dispongo
Espero haberte ayudado en algo.... puedes hacer la conversión de nuevo? ese phpBB3 es de pruebas? Para hacer estos pasos "antes".
Ahora, hay un script que actualiza los bbcodes, si es que ya no puedes volver atrás con la conversión, pero ocupa bastantes recursos y me ha dado algunos errores que estoy viendo de solucionar (en bases de datos muy grandes, pero como digo, tiempo me falta). Pero te lo podría pasar para que lo pruebes... luego de correrlo, deberían verse bien las firmas con los "aligns" y los otros bbcodes que hayas agregado.
Sobre el tema de los botones y demas, no hace falta matar a nadie

ya compartí esa información con el resto del foro, la puedes ver acá:
http://www.phpbb-es.com/foro/viewtopic.php?f=19&t=17637" onclick="window.open(this.href);return false;
salu2