Cuando un usuario elimina un mensaje desaparecerá también de la carpeta enviados del usuario que lo envió. podrías añadir un campo eliminado (int), que te marque con un 0 si esta en ambas bandejas, con un 1 si esta solo en la de enviados o 2 si solo esta en la de recibidos. Eliminando el mensaje definitivamente cuando el segundo usuario en eliminarlo lo borra.

Esto es lo que tengo que hacer pero no se acerlo alquien me puede explicar como hacerlo.

Gracias y un saludo

1) Te faltan los datos de soporte, sin ellos no obtendrás respuesta
2) No entiendo qué quieres conseguir, para qué lo quieres y cómo se usaría, explícate mejor por favor (después de poner los datos de soporte)

Saludos,
-javiexin